RNA: روشهای محاسباتی برای ساختار، سینتیک و طراحی منطقی، در دو جلد، به بررسی جامع روشهای محاسباتی مربوط به ساختار ثانویه، سینتیک تاخوردگی و طراحی منطقی RNA میپردازد.
جلد اول به انرژی و ساختار اختصاص دارد و به پنج فصل تقسیم میشود. فصل ۱ ساختار مولکولی ریبونوکلئوتیدها، انواع اصلی RNA و پایگاههای داده توالی و ساختار RNA را شرح میدهد. فصل ۲ مفاهیم اساسی ترمودینامیک را ارائه میکند، زیرا الگوریتمهای مبتنی بر ترمودینامیک ابزاری ضروری در طراحی منطقی مولکولهای RNA کاربردی هستند. فصل ۳ نحوه به دست آوردن پارامترهای انرژی ساختار ثانویه تجربی از آزمایشهای جذب فرابنفش از طریق نمودارهای Van ‘t Hoff و برازش دادهها به روش حداقل مربعات را شرح میدهد. فصل ۴ روشهایی از ترکیبیات، اتوماتا و نظریه زبانهای صوری، و آنالیز مختلط را شرح میدهد. فصل ۵ مروری بر برخی از مهمترین الگوریتمهای مبتنی بر ترمودینامیک مرتبط با ساختار ثانویه ارائه میدهد. تمرینها و راه حلها در پایان هر فصل ارائه شدهاند و کد منبع در وبسایت کتاب موجود است (گاهی اوقات شامل برنامههای کامپیوتری با استفاده از پایتون و افزونههای Numpy و Scipy).
این کتاب ابزارها و جزئیات لازم را برای برداشتن گامهای بعدی در زیستشناسی مصنوعی محاسباتی RNA فراهم میکند. این کتاب برای دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا با علایق و مهارتهای تحلیلی از زمینههایی مانند شیمی فیزیک، فیزیک، ریاضیات، علوم کامپیوتر و آمار مناسب است.
اسلایدهای آموزشی، برنامههای کامپیوتری و راهحلهای تمام تمرینهای جلدهای ۱ و ۲ را میتوانید در وبسایت زیر بیابید: https://github.com/pgclote/RNA-Computational-methods-for-structure-kinetics-and-rational-design-Solutions-slides-etc.-.
